| 1999 | 2000 | 2001 | 2002 | 2003 | 2004 | 2005 | 2006 | 2007 | 2008 | 2009 |
| 2010 | 2011 | 2012 | 2013 | 2014 | 2015 | 2016 | 2017 | 2018 | 2019 | 2020 |
J.LEAGUE2 2006
| 1° Posizione |
PROMOSSA DIRETTAMENTE IN J.LEAGUE 1 |
YOKOHAMA FC |
| 2° Posizione | PROMOSSA DIRETTAMENTE IN J.LEAGUE 1 | KASHIWA REYSOL |
| 3° Posizione | QUALIFICATA AI PLAYOUT PROMOZIONE | VISSEL KOBE |
J.LEAGUE 2 - CLASSIFICA FINALE 2006
| Pos | Squadre | Pts | G | V | N | P | GF | GS | DIFF | ||
| 01 | YOKOHAMA FC | 93 | 48 | 26 | 15 | 7 | 61 | 32 | +29 | ||
| 02 | KASHIWA REYSOL | 88 | 48 | 27 | 7 | 14 | 84 | 60 | +24 | ||
| 03 | VISSEL KOBE | 86 | 48 | 25 | 11 | 12 | 78 | 53 | +25 | ||
| 04 | SAGAN TOSU | 79 | 48 | 22 | 13 | 13 | 64 | 49 | +15 | ||
| 05 | VEGALTA SENDAI | 77 | 48 | 21 | 14 | 13 | 75 | 43 | +32 | ||
| 06 | CONSADOLE SAPPORO | 72 | 48 | 20 | 12 | 16 | 77 | 67 | +10 | ||
| 07 | TOKYO VERDY | 71 | 48 | 21 | 8 | 19 | 69 | 75 | -6 | ||
| 08 | MONTEDIO YAMAGATA | 65 | 48 | 17 | 14 | 17 | 68 | 57 | +11 | ||
| 09 | EHIME FC | 53 | 48 | 14 | 11 | 23 | 51 | 63 | -12 | ||
| 10 | MITO HOLLYHOCK | 51 | 48 | 14 | 9 | 25 | 48 | 69 | -21 | ||
| 11 | SHONAN BELLMARE | 49 | 48 | 13 | 10 | 25 | 61 | 87 | -26 | ||
| 12 | THESPA KUSATSU | 42 | 48 | 9 | 15 | 24 | 54 | 86 | -32 | ||
| 13 | TOKUSHIMA VORTIS | 35 | 48 | 8 | 11 | 29 | 43 | 92 | -49 |
| 1 | Squadra Vincente JL2 e promossa direttamente in JL1 | |
| 2 | Squadra promossa direttamente in JL1 | |
| 3 | Squadra qualificata ai Playout Promozione |
NB: Nessuna retrocessione in J.F.L. (Japan Football League). Lo scopo della decisione è quello di incrementare progressivamente il numero delle formazioni partecipanti alla JLeague2, portandole da 12 a 13 in questa stagione in vista di una ulteriore espansione nelle stagioni future. L'ampliamento è comunque soggetto al conseguimento del JLeague Status, requisito indispensabile per prender parte al campionato.
| PLAYOUT PROMOZIONE / RETROCESSIONE |
Viene disputato tra la terza classificata in JLeague2, il Vissel Kobe, e la terzultima classificata in JLeague1, l'Avispa Fukuoka. Il formato dei Playout Promozione/Retrocessione prevede una partita di andata da disputarsi in casa della squadra di JLeague2 e una partita di ritorno da disputarsi in casa della squadra di JLeague1 al termine della quale, nel caso permanga la situazione di parità tra le due formazioni, verranno giocati i tempi supplementari e se necessario i rigori.
| ANDATA - Mercoledì 6 Dicembre 2006 - Kobe Wing Stadium, Kobe |
| 19h00 | VISSEL KOBE | 0 - 0 | AVISPA FUKUOKA | ||
| RITORNO - Sabato 9 Dicembre 2006 - Hakatanomori Stadium, Fukuoka |
| 16h00 | AVISPA FUKUOKA | 1 - 1 | VISSEL KOBE | ||
|
84' Nunobe
|
60' Kondo
|
Verdetto Playout Retrocessione
VISSEL KOBE promosso in J1 per la regola del "gol in trasferta vale doppio"
AVISPA FUKUOKA retrocesso in J2
J.LEAGUE 2 - TOP SCORERS 2006
| 1 | BORGES (Brasile) | Vegalta Sendai | 26 reti |
| 2 | HULK (Brasile) | Consadole Sapporo | 25 reti |
| 3 | Tatsunori ARAI | Sagan Tosu | 23 reti |
JLEAGUE2 - BEST 11
| TABELLA RISULTATI |
RISULTATI PRIMA FASE
Nella colonna a sinistra le gare giocate in casa, nelle colonne verticali quelle giocate in trasferta.
| JL2 | BEL | CON | EHI | HOL | MON | REY | SAG | THE | TVE | VEG | VISS | VOR | YFC |
| BEL | -- | 2-1 | 1-3 | 1-3 | 1-1 | 1-2 | 0-1 | 4-3 | 2-0 | 1-0 | 2-0 | 5-0 | 0-2 |
| CON | 4-1 | -- | 3-1 | 0-1 | 2-2 | 1-2 | 2-2 | 3-0 | 4-0 | 1-1 | 1-6 | 4-2 | 0-1 |
| EHI | 1-2 | 2-1 | -- | 1-1 | 0-2 | 0-1 | 1-2 | 0-0 | 0-0 | 1-2 | 0-2 | 1-0 | 1-0 |
| HOL | 3-0 | 3-1 | 0-1 | -- | 1-1 | 0-1 | 0-0 | 2-1 | 0-1 | 0-2 | 1-3 | 2-1 | 1-0 |
| MON | 2-1 | 0-1 | 2-2 | 3-0 | -- | 3-0 | 1-1 | 2-1 | 2-3 | 0-3 | 0-0 | 2-1 | 1-2 |
| REY | 1-1 | 2-1 | 1-0 | 1-1 | 1-3 | -- | 2-0 | 2-1 | 4-1 | 2-1 | 0-1 | 4-0 | 2-1 |
| SAG | 2-0 | 0-1 | 4-1 | 0-0 | 2-0 | 2-2 | -- | 2-1 | 1-2 | 1-5 | 1-3 | 2-1 | 0-0 |
| THE | 2-2 | 2-2 | 2-1 | 1-0 | 3-1 | 0-4 | 3-4 | -- | 0-4 | 0-0 | 3-2 | 0-2 | 0-0 |
| TVE | 2-0 | 2-0 | 1-0 | 0-1 | 0-1 | 2-3 | 1-1 | 3-2 | -- | 2-0 | 0-2 | 4-1 | 0-2 |
| VEG | 2-2 | 0-2 | 3-1 | 4-1 | 1-1 | 0-1 | 3-0 | 5-1 | 3-0 | -- | 0-0 | 1-0 | 0-0 |
| VISS | 1-0 | 1-2 | 1-0 | 4-0 | 4-2 | 1-1 | 0-0 | 0-3 | 3-1 | 0-1 | -- | 3-0 | 0-0 |
| VOR | 1-1 | 0-0 | 0-2 | 0-0 | 1-4 | 1-0 | 0-0 | 2-1 | 2-0 | 0-4 | 3-0 | -- | 1-1 |
| YFC | 2-0 | 1-2 | 2-0 | 2-0 | 1-0 | 2-0 | 0-0 | 1-0 | 0-0 | 0-0 | 2-1 | 1-0 | -- |
RISULTATI SECONDA FASE
Nella colonna a sinistra le gare giocate in casa, nelle colonne verticali quelle giocate in trasferta.
| JL2 | BEL | CON | EHI | HOL | MON | REY | SAG | THE | TVE | VEG | VISS | VOR | YFC |
| BEL | -- | 1-6 | 0-2 | 1-0 | 1-0 | 0-3 | 1-2 | 2-1 | 3-0 | 0-3 | 2-2 | 2-4 | 0-1 |
| CON | 1-5 | -- | 1-1 | 3-1 | 1-1 | 2-1 | 0-2 | 2-2 | 2-0 | 3-1 | 1-4 | 6-0 | 1-2 |
| EHI | 1-2 | 1-0 | -- | 0-1 | 2-2 | 3-1 | 0-2 | 1-0 | 1-2 | 1-2 | 0-0 | 3-3 | 2-2 |
| HOL | 3-2 | 0-1 | 0-1 | -- | 2-0 | 0-1 | 2-2 | 1-1 | 1-2 | 0-0 | 1-2 | 2-0 | 1-2 |
| MON | 1-1 | 0-0 | 2-0 | 5-1 | -- | 1-0 | 1-3 | 3-0 | 0-1 | 1-0 | 1-1 | 2-1 | 2-3 |
| REY | 4-0 | 2-3 | 3-1 | 3-1 | 2-1 | -- | 2-5 | 2-0 | 4-1 | 2-1 | 3-0 | 2-1 | 3-3 |
| SAG | 2-1 | 4-0 | 0-0 | 1-0 | 1-2 | 2-1 | -- | 0-1 | 2-0 | 1-0 | 0-1 | 2-0 | 0-1 |
| THE | 0-0 | 0-2 | 2-5 | 3-1 | 1-1 | 1-1 | 0-0 | -- | 1-1 | 0-2 | 1-1 | 1-0 | 1-1 |
| TVE | 3-1 | 1-2 | 1-4 | 1-4 | 1-0 | 4-1 | 3-2 | 1-1 | -- | 1-1 | 5-2 | 4-2 | 1-1 |
| VEG | 4-2 | 0-0 | 1-1 | 3-1 | 0-0 | 2-0 | 0-1 | 5-2 | 1-2 | -- | 2-1 | 1-1 | 1-1 |
| VISS | 2-2 | 1-1 | 1-0 | 2-0 | 1-0 | 3-4 | 2-0 | 3-2 | 2-1 | 1-0 | -- | 4-1 | 1-2 |
| VOR | 2-1 | 0-0 | 0-1 | 1-2 | 0-5 | 0-0 | 1-2 | 3-1 | 2-2 | 1-3 | 1-2 | -- | 0-2 |
| YFC | 1-1 | 3-0 | 1-0 | 3-2 | 2-1 | 1-0 | 1-0 | 0-2 | 1-2 | 3-1 | 0-1 | 0-0 | -- |
LEGENDA ABBREVIAZIONI SQUADRE JLEAGUE2 2006
| BEL | - | SHONAN BELLMARE | THE | - | THESPA KUSATSU | ||
| CON | - | CONSADOLE SAPPORO | TVE | - | TOKYO VERDY | ||
| EHI | - | EHIME FC | VEG | - | VEGALTA SENDAI | ||
| HOL | - | MITO HOLLYHOCK | VISS | - | VISSEL KOBE | ||
| MON | - | MONTEDIO YAMAGATA | VOR | - | TOKUSHIMA VORTIS | ||
| REY | - | KASHIWA REYSOL | YFC | - | YOKOHAMA FC | ||
| SAG | - | SAGAN TOSU |
PROMOZIONI DALLA J.F.L.
| NESSUNA PROMOZIONE |
NB - Il campionato JFL 2006 viene vinto nettamente dall'HONDA FC, formazione con sede nella città di Hamamatsu, situata nella Prefettura di Shizuoka, area rinomata per i talenti calcistici: trattandosi di un club non-professionistico e quindi privo del JLeague Status, risulta ineleggibile per la promozione.
Il regolamento prevede che per poter essere promossi in J2 bisogna avere il JLeague Status e piazzarsi obbligatoriamente tra le prime quattro in classifica: nessuna delle altre tre squadre giunte alle spalle dell'Honda Fc, cioè il Sagawa Express Tokyo (2°), il Sagawa Express Osaka (3°) e il YKK AP (4°) lo possiede, quindi al termine del torneo NESSUNA SQUADRA VIENE PROMOSSA in JLeague2.
L'unica formazione della lega in possesso del JLeagueStatus è il ROSSO KUMAMOTO che però avendo concluso il campionato al 5° posto, a 1 solo punto dall'YKK AP, resta inevitabilmente in JFL.